El objetivo de declarar una zona como área marina protegida (AMP) es preservarla de la pesca u otras actividades marítimas, de modo que los ecosistemas marinos que alberga puedan recuperarse. Los países firmantes del Convenio sobre Diversidad Biológica acordaron proteger el 10% de las ecorregiones marinas para el año 2012. La Unión Europea creó la Red Natura 2000 para proteger ecosistemas marinos y terrestres. Actualmente, en el Báltico existe aproximadamente un 7.9% de superficie declarada como áreas marinas protegidas dentro de la Red Natura 2000. Sin embargo, dentro de las directivas de Helcom existen además otras áreas adicionales también protegidas, por lo que teniendo en cuentas ambas la red representa un 11,6% del Báltico.

Pero el hecho de que una zona se declare como AMP no significa que se proteja. De hecho, hasta la fecha, solamente un 13% de las áreas marinas protegidas del mar Báltico se encuentran actualmente bajo algún plan de gestión. En el resto de las zonas, todavía son frecuentes actividades como la pesca destructiva, la pesca con altos porcentajes de capturas accidentales, dragados y otras prácticas no sostenibles.

Se han llevado a cabo varios estudios científicos que muestran que la red actual de áreas protegidas existente en el mar Báltico no es suficiente. Los científicos han encontrado que las áreas son pequeñas, están mal distribuidas y carecen de coherencia ecológica. La mayoría se encuentran en la parte central del Báltico, en las zonas costeras en lugar de alta mar, y no incluyen áreas de alto valor ecológico o de importancia pesquera.