Los datos sobre capturas, descartes, desembarcos y esfuerzo pesquero en aguas profundas son escasos. Sin embargo, las evidencias científicas apuntan a que la mayoría de los stocks de profundidad de la UE se han explotado por encima de los niveles sostenibles. Muchos se hallan en niveles de riesgo biológico, y se ha prohibido la retención a bordo y desembarco de 21 especies por su preocupante situación. Las técnicas pesqueras no selectivas y destructivas son los principales causantes de esta sobreexplotación.

La mayoría de las pesquerías de profundidad captura una mezcla de especies, incluso algunas no objetivo, como tiburones amenazados. De media, el 50% de las capturas de arrastre de profundidad se compone de especies no comerciales y juveniles y en algunos lances este porcentaje puede alcanzar el 80%. Estos animales suelen descartarse y su supervivencia es prácticamente nula por los efectos de los cambios de presión y la abrasión de las redes.

Además del impacto directo sobre las especies, algunos tipos de pesca de fondo dañan y destruyen para siempre hábitats de profundidad. Por ejemplo, el arrastre de profundidad elimina el 90% de los corales y esponjas de algunas zonas, afectando así a los lugares de puesta, cría, refugio y alimentación de muchas especies, es decir, destrozando hábitats esenciales para peces. De hecho, se considera que el impacto del arrastre de fondo en el Atlántico Nordeste es mayor que la suma de todas las demás actividades humanas, incluyendo el tendido de cables submarinos, vertido de basuras y exploración de hidrocarburos.

La rentabilidad de las pesquerías de profundidad es inversamente proporcional a los daños que causan. Las del Atlántico Nordeste representan un mero 1,1% del total de capturas de la flota de la UE en esta región. Asimismo, los costes de muchas de estas actividades pesqueras, en especial el arrastre de fondo, son tan elevados que solo se pueden sufragar gracias a ingentes subvenciones.