Las aguas profundas comienzan 200 m bajo la superficie, donde ya no penetra la luz del sol, y la pesca en ellas supera la cota de los 1.500 m. La mayoría de las pesquerías de profundidad del Atlántico Nordeste surgieron en la segunda mitad del siglo XX, tras el declive de los tradicionales stocks de la plataforma continental y ayudadas por nuevas tecnologías. Su objetivo son algunas especies consumidas habitualmente, como el besugo (Pagellus bogaraveo) o el sable negro (Aphanopus carbo).

Las especies que viven a estas profundidades se han adaptado a un entorno frío y oscuro, con pocos nutrientes. Como consecuencia, se caracterizan por bajas tasas de crecimiento, madurez sexual tardía, poca descendencia y larga longevidad. Esto les hace extremadamente vulnerables a la sobrepesca, porque su capacidad de recuperación es muy limitada.

Los tiburones y rayas de profundidad se encuentran entre las especies más vulnerables, ya que una vez se agota un stock, puede tardar siglos en recuperarse. Por ejemplo, las poblaciones de quelvacho (Centrophorus granulosus) y tollo pajarito (Deania calcea) –ambos capturados por la flota de la UE– tardan en duplicarse 55 y 49 años, respectivamente. Los tiburones de profundidad han sido muy perseguidos por sus hígados, que contienen escualeno utilizado para fabricar cosméticos y suplementos dietéticos de ácidos Omega 3. Debido al grave declive sufrido por varias de las especies más capturadas, se ha prohibido retener a bordo o desembarcar 17 especies de tiburones de profundidad.

Los organismos de las profundidades se refugian en ecosistemas frágiles, como arrecifes de coral, lechos de esponjas o chimeneas hidrotermales, que representan importantes focos de biodiversidad. Las Naciones Unidas los consideran Ecosistemas Marinos Vulnerables y piden que se protejan de los daños causados por artes de pesca de fondo, como el arrastre, capaz de dañar o destruir todo lo que se cruce en su camino.